Centralna Biblioteka Rolnicza z Oddziałami w Puławach i w Bydgoszczy została utworzona w 1955 r. Historia księgozbioru Biblioteki sięga jednak daleko wcześniej i jest ściśle związana z dziejami jej Oddziałów, obrazującymi powstawanie bibliotekarstwa rolniczego na ziemiach polskich. Pierwsza naukowa biblioteka rolnicza została utworzona w Instytucie Agronomicznym w Marymoncie, powstałym w 1816 r. Gromadzono w niej przeważnie wydawnictwa zwarte z zakresu rolnictwa, leśnictwa i weterynarii w języku polskim, niemieckim i sporadycznie we francuskim. W ramach reorganizacji szkolnictwa rolniczego w Królestwie Polskim zbiory tej biblioteki w 1862 r. zostały przeniesione do Puław, gdzie rozpoczął działalność Instytut Politechniczny i Rolniczo-Leśny. Z chwilą powołania do życia w 1869 r. rosyjskiej uczelni - Instytutu Gospodarstwa Wiejskiego i Leśnictwa w Puławach i wprowadzenia do nauczania języka rosyjskiego, zaczęła następować stopniowa rusyfikacja księgozbioru. Z tego okresu pochodzi bogaty zbiór rossiców. 

Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 r. w Puławach powstał Państwowy Instytut Naukowy Gospodarstwa Wiejskiego (PINGW), który przejął księgozbiór biblioteki. Liczył on wówczas 81700 wolumenów. W okresie międzywojennym w związku z intensyfikacją prac prowadzonych w PINGW wzrosło znaczenie wydawnictw ciągłych, które najszybciej informowały o najnowszych osiągnięciach nauki. Biblioteka otrzymywała w tym czasie ok. 150 tytułów czasopism. W czasie II wojny światowej zbiory biblioteczne uległy tylko częściowemu zniszczeniu.

Historia bydgoskiego Oddziału Centralnej Biblioteki Rolniczej sięga początków XX wieku, kiedy to w tym mieście staraniem Magistratu powstał Instytut Rolniczy. Już w 1906 r. księgozbiór Instytutu liczył 1700 tomów. W 1921 r. Instytut Rolniczy w Bydgoszczy stał się Oddziałem puławskiego PINGW-u. Straty zbiorów na skutek II wojny światowej nie były zbyt duże.

Po wojnie PINGW został zreorganizowany. Wyodrębniono z niego samodzielne jednostki badawcze. Ich działalność koordynował Centralny Instytut Rolniczy (CIR), który zajął się również gromadzeniem księgozbioru rolniczego. W 1951 r. organizacyjnie połączono nowo powstającą bibliotekę CIR z bibliotekami naukowymi PINGW w Puławach i jego Oddziału w Bydgoszczy pozostawiając je w dotychczasowych miejscach działania. Po rozwiązaniu CIR do życia powołano w 1955 r. CBR w Warszawie z Oddziałami w Bydgoszczy i Puławach, której przekazano zgromadzone księgozbiory.
W czerwcu 2004 r. z powodu ograniczenia budżetu Oddział w Bydgoszczy został rozwiązany. Jego księgozbiór liczący ok. 60 tys. woluminów częściowo zasilił zbiory CBR w Warszawie, a częściowo został przekazany Akademii Bydgoskiej im. Kazimierza Wielkiego.

Siedzibą Centralnej Biblioteki Rolniczej jest zabytkowy gmach przy Krakowskim Przedmieściu. Uprzednio mieściło się w nim Muzeum Przemysłu i Rolnictwa, dla którego został on kupiony od rządu rosyjskiego przez organizujący je obywatelski Komitet. Muzeum było ośrodkiem myśli polskiej i stanowiło przeciwwagę dla rusyfikacji nasilającej się po upadku powstania styczniowego. Utworzono w nim szereg placówek naukowych, pracowni i uczelni, które w późniejszym okresie usamodzielniły się. Tu rozpoczynało lub kontynuowało pracę wielu znanych naukowców. W latach 1890-91 w Pracowni Fizycznej i Pracowni Chemicznej pracowała Maria Skłodowska-Curie. Pod kierunkiem dr Ludwika Natansona uczyła się pierwszych technik laboratoryjnych. W 1880 r. powstała tu jedna z pierwszych w Europie Stacja Oceny Nasion prowadzona przez prof. Antoniego Sempołowskiego.